Curious about protein barcoding & its transformative potential? Head to Genetic Engineering & Biotechnology News to learn how Next-Generation Protein Sequencing™ is accelerating the screening and characterization of proteins. bit.ly/4gkWQlE

Improving Inverse Folding models at Protein Stability Prediction without additional Training or Data - PROTEINMPNN-DDG and ESMIF-DDG demonstrate a significant improvement in predicting protein stability by leveraging model outputs without requiring additional training or data.

記事書いた：HelixFold3のインストール qiita.com/Ag_smith/items… タンパク質・核酸・リガンド複合体をまとめて構造予測するツール

The Big Fantastic Virus Database (BFVD) contains ColabFold predicted protein structures of all UniRef30 viral proteins. It's the largest DB of viral structures spanning major viral clades.🧵 🌐bfvd.steineggerlab.workers.dev 🌐search.foldseek.com 📄biorxiv.org/cgi/content/sh…

Quantum-SI promo piece : Accelerate Screening and Characterization of Proteins genengnews.com/resources/tuto… --- #proteomics #prot-article

A conditional protein diffusion model generates artificial programmable endonuclease sequences with enhanced activity | Cell Discovery - Train conditional protein diffusion model, CPDiffusion, a Equivariant Graph Denoising Network for Argonaute (Ago) proteins under the DDPM

HelixFold3, ふつうにSMILES表記もインプットにして計算できたので記事を修正

I like the title. Thank you AksimentievLab for a nice summary of our work Thread, read, rewind, repeat: towards using nanopores for protein sequencing nature.com/articles/d4158…

明日、明後日は理研の田上さんと一緒にこちらで生命の起源についてお話（議論？）します。どうもNAISTの近くらしい。 keihannasaron.jimdofree.com/%E6%AC%A1%E5%9…

元根助教が筆頭の論文がpublishされました。1分子プロテオミクスの実現に向けたブレークスルーです。今後、本プラットフォームを基盤とした応用が多数出てくると期待しています！ nature.com/articles/s4158…

HelixFold3、デフォルトだと多分テンプレートが使えてない scrapbox.io/yumiz/HelixFol…

The AlphaLink2 paper is now online! It’s joint work with RBO Lab - TU Berlin and Jörg Stülke. AlphaLink2 integrates crosslinking MS data into AlphaFold-Multimer. AlphaLink2 really shines for challenging targets like antigen-antibody complexes. doi.org/10.1038/s41467…

A good test for any structure prediction model is its predictive accuracy for novel entrants to the PDB. I just ran Chai-1 on structure 9CBK released yesterday on the PDB (and importantly not yet included in the training set for Chai-1). 🖥️🧬 Chai-1 predicted 9CBK's

It's exciting to see Foldseek search integrated into the AlphaFold database. Now, you can explore similar structures in PDB and AFDB50 directly on each AFDB page, along with the Foldseek clusters! It is really great for the community to have independent servers as choice.

イグ・ノーベル賞 日本などの研究チームが「生理学賞」を受賞 www3.nhk.or.jp/news/html/2024… #nhk_news

イグノーベル化学賞は｢ミミズをクロマトグラフィー分離した｣と言うもの 元ツイに今回の対象であるScience Advances誌に載った論文のリンクがあります。オープンアクセスなので誰でも読むことが出来ます。 さて、クロマトはサイズ排除クロマトグラフィーの一種であるhydrodynamic chromatography

Rosetta Workshop 2024 meilerlab.org/rosetta-worksh…

preprint from ⁦𝗬𝘂𝗺𝗶𝘇 𝗦*, 𝗙𝘂𝗿𝘂𝗶 𝗞* 𝙚𝙩 𝙖𝙡.⁩ & ⁦Ohue M/大上雅史⁩ [2409.10964] Active learning for energy-based antibody optimization and enhanced screening arxiv.org/abs/2409.10964

AlphaFold はノーベル賞が出てもおかしくはないが、この分野で賞が出るとしたら、共進化情報から構造予測できることを見出した人(歴史的経緯に詳しくないので具体的な名前は挙げられない)と、構造予測に基づいた人工タンパク質の設計という点で David Baker あたりがセットになるかなと思っている。

人工タンパク質の設計で構造予測に基づく部分ってどこになるだろう？